Управни одбор је извршни орган Викимедије Србије, који се стара о спровођењу циљева Удружења утврђеним Статутом. Има од четири до једанаест чланова. По један члан сваког регионалног одбора је члан Управног одбора. Мандат сваког члана траје две године, а након његовог истека може се кандидовати за исту функцију. Одбор, из реда својих чланова, бира председника. Тренутно, Управни одбор чини шест чланова.